在签订了贷款协定后，双方又签订了关于双方地位关系以及各方面事务的补充协定，莫特自治领接受西北军政节度使府领导，但保持自治地位，军事、外交由西北负责，内政则接受西北指导。双方全面领地之间的关税，而外地商品的关税收入则全部由莫特自治领收入，不向西北上缴分成。莫特武装力量全面改组，效仿西北彻骨为预备役和正规军队两种，预备役日常训练管理由军务府负责，而正规军队则由新成立的西北军事联席参谋本部直接负责训练和掌握，所有正规军军费和预备役的训练补助费用均由西北政府承担。初步商定正规军为五万骑兵，从现有莫特武装力量中挑选精锐产生，而预备役军队暂设六万，采取定期训练、定期服役（主要是承担莫特自治领的领地内巡逻和日常治安）的方式进行管理，遇有紧急状况军务府可直接征召预备役为正式役。