户部同时还要管理少数民族事务，尤其是在课税、茶叶贸易以及婚姻人口方面。做为明朝控制青藏重要国策之一的茶马交易，也是户部所管理的重要职司。为了禁止私人贩茶，朝廷任命了巡茶御史，还设立了茶马司、茶课司以及批验所等衙门。户部外派的茶马司驻于西宁、河州、洮州、甘州（此三地在今甘肃）、雅州（今四川雅安）等地，都归属户部管理。