就在西北军队在在库车和楼兰对两国军队进行大规模的遣散行动时，第二阶段的谈判也同时拉开了序幕，围绕着联盟政务署的职权范围，与西域诸国政府之间的权责划分，联盟政务署各级官员职位的分配，各国和西北谈判人员展开了长时间的激烈争吵。由于联盟政务署权力的极大压缩了各国政府现有权限，那政务署以及政务署下设部门长官位置的争夺就显得更为激烈，往往一个副处长的职位都要经过半天甚至一天的讨论才能定板，甚至帘内政处下设的审理所和保安局一类位置也成了热门位置，引起了各方势力的垂涎。