对于国防机构的设立和调整，一部分人提出了应设立陆军总司令部。既然设立了海军司令部和空军司令部，而总统一向主张陆海军协调发展，以国防部和总参代行陆军指挥权似乎不那么顺。不可避免地带出了军事机关的地位级别问题。现在的情况是国防部、总参谋部和联勤总部三总部为最高。其中国防部管人事和经费，总参管作战、训练及军事教育。联勤总部管后勤。但联勤总部的地位似乎低于国防部和总参。总参下面又设了好几个兵种部，比如炮兵、工程兵、通信兵，而这些兵种部的人事和经费却又被国防部管着，成了双重领导，扯皮推诿效率低下的问题日益严重，如果设立陆军总部，即可将相关兵种部纳入陆军总部，管理就顺了。另外，大军区和兵种部的关系也比较乱，总体上嫌兵种部指手画脚，几位军区司令官都提出了这个问题。