都水清使司作为工部的最核心部门，占据的自然是最靠近尚书办公处之地，实际上，整个偌大的三进院子中，除了尚书、左侍郎办公处之外，其余厢房全都是都水清使司所有，司下设都吏、河防、桥道、织造、柜、杂六科和算房、火房两房，共计八个办公处，分掌该司事务，外头还有隶属机构皇差销算处（负责核销皇帝出巡时各地所用维修桥梁、道路等费用）；冰窑（负责收发藏冰）；彩绸库（负责收发制帛、诰轴、彩绸、驾衣、宝砂、棕丝、藤竹）等三大外处，官吏众多，全司设有郎中六人（满五人，汉一人，正五品）、员外郎六人（满五人、汉一人，从五品）、主事六人（满四人，汉两人，正六品）。笔帖式十八人（正九品），经承九人（从九品）以及差役两百余，编制之大远超其余各司，素来为工部的重心之所在。