战至申时三刻，就在天已擦黑之时，整个京都连同皇城都已落入了清军的掌控之中，中御门天皇被生擒，太政大臣藤原铁男剖腹自尽，左大臣上杉信条为保护中御门天皇战死当场，右大臣德川三生率残部投降，至此，京都城中再无有组织的抵抗，只有些零星散兵游勇还在与清军打着游击，可也不过是垂死挣扎而已，连癣疥之患都算不上，随着清军大部队的全部进城，胆敢抵抗的倭国武士无一逃出生天，尽皆被清军碾杀个精光！