方尚书起点高，进步快，建文元年便当上了顺天府尹，但因为坐罪充军广东，幸而后来在同乡营救下，很快被召回复官。转年今上入京师，他和侍郎刘俊等迎附，特见委用，进兵部侍郎。之后署理过数年兵部事，不过风评不是很好，听说他善揣上意，颇恃宠贪恣，被几位大佬联名弹劾。不过他十分警觉，见事不好，便思暂避风头。正逢朝廷设行在六部，无人愿意北上前往，朱棣大喜，不禁压下了弹劾，还升他为二品尚书，将行在的人事大权尽数委托给他。