1859年10月底，南朝外务部副相张有存和曰本幕府大老井伊直弼在长崎签订《中曰友好通商条约》，除了援引曰美条约中国取得美国在曰本获得的一切利益如四口通商、关税权、领事裁判权等等外，又取得了在长崎的军港使用权和驻军权力。长崎海关中曰共管，成立五人委员会，中方三人，曰方两人。同时长崎居民在天皇统治下自治，自治委员会由民众选举，每届任期五年，首席委员需得到幕府和天皇批准，而自治委员会第一任首席委员鸟津小六已经被获准。