琉球群岛战役结束后，学兵军首先将琉球群岛所属岛屿全部换回古琉球王国时期所用名称，然后便是组建琉球特区政府。琉球特区政府成立以后将暂时置于学兵军特区政府之下，进行为期三年的军管，军管期间由驻军最高指挥官担任特区首脑。之所以对琉球进行军管，一方面是因为日本因素在琉球已经根深蒂固，必须花大力气进行清除；另一方面则和最高统帅部对琉球的定位有关——琉球将会是进攻日本本土的前哨。