西疆大都护府行政机构下设政务署、外务署、法务署、军务署（军务参谋联席会议）四大署和国家安全局、情报总局、军事情报局三个直属局，另设立一个民意机构咨议院。四大署分别执掌行政事务、外交事务、司法事务、军事事务，其中政务署下设各司分类别掌管各项行政事务，而法务署则直辖各府审理院和监察司，咨议院作为大都护府管辖区内一个了解民意的渠道而设立，分别从各地区和各阶层选出代表，负责沟通民意。