然而，好景不长，在隆信的儿子松浦镇信的时代，德川幕府一统日本之后，他们对各地的有力大名进行了打压，并且打算把对外贸易都垄断在幕府手中，不让其他大名有利用海贸壮大自己的机会。平户港很快就成了他们的打压目标，虽然在松浦镇信的多方努力下，平户藩勉强保住了荷兰商馆和一定限度的通商权力，但是贸易收入却只能转入到幕府的手中，松浦镇信在幕府的多方打压之后也心灰意冷，将藩主的位置传给了儿子松浦久信，自己则出家为僧，法名法印。