瞿鸿禨作为军机处独立的存在结束了。慈禧再三考虑，将袁世凯调入军机处，兼任外务部大臣。同时下旨调老资格的总督张之洞入军机处以牵制袁世凯。这样，在广东乱局未平，山东乱局又起的当口，清廷中枢完成了最重要的一次权力调整。调整后的军机处为四满三汉：奕劻、那桐、世续、载沣、鹿传霖及袁世凯。