如果计算上露天的火炮甲板，海妖号应该被分割成四层。从上到下依次是露天甲板、中层甲板、下层甲板和底仓。其中露天甲板是摆放火炮和日常水手们操练的地方。中层甲板是船长、军官的住所以及炮手们的住处，下层甲板是普通水手、冲锋队、木匠房、补给官等住所。最下层的底仓，主要是用来堆放货物，又称货仓。